Berawal dari keluhan beberapa pengusaha yang menyatakan bahwa mencari tenaga kerja Profesional di bidan Teknologi Informasi sulit, maka pendiri Yayasan ini berkeinginan untuk menjawab kesulitan yang dialami pengusaha dalam mencari tenaga ahli bidang informatika sehingga didirikanlah Yayasan AMIKOM YOGYAKARTA. Untuk pertama kalinya Yayasan ini berkantor pusat di Jl.Wolter Monginsidi No.8 Yogyakarta. Nama pendirinya adalah Mohammad Suyanto dan Purdi E.Chandra. Notaris pembuat Akte Pendirian : Daliso Rudianto, SH. Nomor: 76 Tanggal 29 Desember 1992.
Pada tahun pertama jumlah mahasiswa yang diterima sejumlah 44 orang pada jurusan manajemen informatika. Setahun kemudian AMIKOM mendapatkan status terdaftar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Penddikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 084/D/O/1994 tanggal 11 Oktober 1994. Untuk saat ini semua program studi sudah terakreditasi.
Seiring dengan bertambahnya mahasiswa AMIKOM menggunakan dua lokasi kampus, kampus I di Jalan Wolter Monginsidi dan Kampus II terletak di Jalan Kaliurang Yogyakarta. Beberapa ruangan di bangun di lokasi baru untuk menampung kegiatan perkuliahan dan praktikum serta perpustakaan. Pada tahun akademik 1998 dimana mahasiswa baru mencapai hampir 800 orang, dan gedung yang saat itu dipakai sudah tidak lagi dapat memuat jumlah mahasiswa yang ada. Maka sejak tahun akademik 1998/1999 AMIKOM menyewa bangunan ruko dan diubah menjadi kampus terpadu di Ring Road Utara, Condong Catur dengan 9 ruang kuliah, 1 pelayanan akademik, 1 ruang perpustakaan dari gedung sebanyak 2 lantai (semua pelayanan akademik telah dipindahkan di kampus terpadu ini, kecuali pelayanan beberapa lab komputer dan internet yang masih terdapat di Kampus II jalan Kaliurang km 5,6 Yogyakarta).
Oleh karena kepercayaan masyarakat terhadap AMIKOM yang semakin tinggi dibuktikan dengan jumlah pendaftar yang naik secara signifikan dari tahun ke tahun maka pihak lembaga kiranya merasa perlu untuk membangun kampus yang representatif. Pada tanggal 20 Januari 2017, berdasarkan SK KemeristekDIKTI No. 99/KPT/I/2017 STMIK AMIKOM Yogyakarta resmi berubah bentuk menjadi Universitas AMIKOM Yogyakarta yang memiliki 3 Fakultas dengan 1 program Magister, 13 Program Sarjana dan 2 program Diploma 3.